גנטיקה כללית
72-155
מעבדת ביואינפורמטיקה
מטלה בעבודה עצמית
עקבו אחר ההוראות הממוספרות
שלב אחר שלב. כל הקישורים יפתחו חלונות חדשים על מסך המחשב לצורך העבודה. השאירו
את החלון הזה פתוח כדי להמשיך לקרוא את ההוראות במהלך התרגיל!
בשלבים מסויימים, תתבקשו להדפיס חלונות מסויימים.
אל
תדפיסו במהלך המעבדה!! במקום זה, שימרו את התוצאות בכונן האישי, או חיזרו על התרגיל
בזמנכם החופשי. את התדפיסים יש לצרף לדו"ח המעבדה.
כל ההוראות בתרגיל
מיועדות לנשים וגברים כאחד!
בהצלחה!
מקטעי PCR
דומים לאלה שהרצת כרגע על הג'ל הוצאו מהג'ל, נוקו, ונשלחו לשירות הריצוף במרכז לטכנולוגיות גנומיות במכון סילברמן למדעי
החיים. גישה לקבצי הרצפים ניתנת דרך אתר המעבדה כאן.
1. פתח חלון לגישה לרצפים. הקבצים
ממוספרים בהתאם למספרי הפאג'ים שאיתם עבדת במעבדה
בפגישות הקודמות.
2. עבור
לרצף של פאג' מספר 12. שים לב לרצף הבסיסים.
3. סמן
בעכבר את כל רצף הדנ"א של פאג' מספר 12, והעתק אותו (בתפריט
"עריכה").
4. ORF Finderבדוק
את הרצף ב-. הדבק
(תפריט "עריכה") את הרצף לתוך תיבת הקלט, ולחץ על כפתור-"OrfFind".
5. מצא מי ממסגרת הקריאה מייצגת את
הגנים rIIA ו – rIIB . בחר מסגרת קריאה הנראית
לך המתאימה ביותר, כאשר מסגרת הקריאה מוארת בוורוד לחץ על כפתור Blast. בחלון
החדש שנפתח לחץ על כפתור view report והמתן לתוצאות.
6. אלו מבין מסגרות הקריאה מייצגות את
הגנים שלנו? מהו מיקומם ואורכם של שני הגנים? שמור את החלון והדפס את החלק
הרלוונטי במועד מאוחר יותר.
7. הקטן
את החלונות.
8. מתפריט הרצפים, עבור לרצף של פאג' מספר 9.
9. פתח
חלון לתוכנה להשוואת רצפים,
10. העתק והדבק את רצף פאג'
מספר 12 לתיבת הקלט הראשונה (העליונה), ואת הרצף של פאג'
מספר 9 לתיבה השנייה.
11. הרץ את ההשוואה ע"י לחיצה על כפתור "Blast".
12. בדוק את התאמות הרצפים. מהו אורך החסר? היכן
הוא מתחיל והיכן הוא מסתיים? *שים לב לחפיפה במספרי הבסיסים בין שתי ההתאמות שמספקת תוכנת ה-Blast.
13. שמור את החלון.
14. בדוק את מסגרות הקריאה של פאג' מס' 9 בעזרת
ORF Finder: הדבק את הרצף בתיבת הקלט, ובצע שאילתא כמו
קודם: כפתור
"OrfFind".
15. שמור את התוצאות. שים לב
במיוחד לפירוט תרגומי הרצף שבתחתית המסמך. במה הם נבדלים מהרצף של פאג' מס' 12? שים לב לאורך ורצף!
16. פתח שוב את חלון השוואות הרצפים.
17. העתק והדבק את רצף פאג'
מס' 1 לתוך תיבת הקלט הריקה. לחץ על כפתור ה-"Blast" .
18. בדוק את ההתאמה. האם זיהית את
המוטציה?
ציין בדו"ח את מיקום המוטציה ואת הבסיס שהשתנה. שמור
את המסמך.
19. הרץ שאילתא על הרצף המוטנט בעזרת ORF Finder. שמור את התוצאות.
20. פתח שוב את חלון השוואות הרצפים והשווה בין רצף הפאג' מזן הבר לפאג' 5.
21. בדוק את ההתאמה. האם זיהית את
המוטציה? ציין בדו"ח את המיקום של המוטציה, ואת הבסיס שהשתנה. שמור את
המסמך.
23. הרץ שאילתא על הרצף המוטנט בעזר ORF Finder .
האם אתה מבחין
בהבדל לעומת זן הבר?
24. שנה את המספר 100בבררן שבראש העמוד ל-50, ולחץ על
"Redraw".
האם כעת רואים הבדל? שמור את החלון.
א. איך השפיעה המוטציה על תרגום הרצף לחלבון?
ב. השווה לתרגום הרצף מפאג'
מס' 12. איזה קודון השתנה, ומה היה השינוי?
25. חזור על שלבים 20-24 עבור פאג' מספר 3.
26. שים לב למיקום המוטציות השונות יחסית
לאחרות ויחסית לגבול בין הציסטרונים.