גנטיקה כללית
72-155
מעבדת ביואינפורמטיקה
מטלה בעבודה עצמית
עקבו אחר ההוראות
הממוספרות שלב אחר שלב. כל הקישורים יפתחו חלונות חדשים על מסך המחשב לצורך העבודה.
השאירו את החלון הזה פתוח כדי להמשיך לקרוא את ההוראות במהלך התרגיל!
בשלבים מסויימים, תתבקשו להדפיס חלונות מסויימים.
אל
תדפיסו במהלך המעבדה!! במקום זה, שימרו את התוצאות בכונן האישי, או חיזרו על התרגיל
בזמנכם החופשי. את התדפיסים יש לצרף לדו"ח המעבדה.
כל ההוראות בתרגיל
מיועדות לנשים וגברים כאחד!
בהצלחה!
מקטעי PCR
דומים לאלה שהרצת כרגע על הג'ל הוצאו מהג'ל, נוקו, ונשלחו לשירות הריצוף במרכז לטכנולוגיות גנומיות במכון סילברמן למדעי
החיים. גישה לקבצי הרצפים ניתנת דרך אתר המעבדה כאן.
1. פתח חלון לגישה לרצפים. הקבצים
ממוספרים בהתאם למספרי הפאג'ים שאיתם עבדת במעבדה
בפגישות הקודמות.
2. עבור
לרצף של פאג' מספר 1. שים לב לרצף הבסיסים.
3. סמן
בעכבר את כל רצף הדנ"א של פאג' מספר 1, והעתק אותו (בתפריט
"עריכה").
4. בדוק
את הרצף ב-
ORFinder. הדבק (שוב, תפריט
"עריכה") את הרצף לתוך תיבת הקלט, ולחץ על כפתור-"ORFind".
5. הדפס את החלון, ושים לב
למיקום ולאורך של שני הציסטרונים.
6. סגור
את החלונות.
7. מתפריט הרצפים, עבור לרצף של פאג' מספר 3.
8. פתח
חלון לתוכנה להשוואת רצפים,
9. העתק
והדבק את רצף פאג' מספר 1 לתיבת הקלט הראשונה
(העליונה), ואת הרצף של פאג' מספר 3 לתיבה השנייה.
10.
הרץ את ההשוואה ע"י לחיצה על כפתור
Align.
11.
בדוק את התאמות הרצפים. האם יש משהו מוזר
במספרי הבסיסים בנקודות ההתחלה והסיום של שני מקטעי ההתאמה?
12.
הדפס את החלון.
13.
בדוק את מסגרות הקריאה של פאג' מס' 3 בעזרת
ORFinder: הדבק את הרצף בתיבת הקלט, ובצע שאילתא כמו
קודם: כפתור
"ORFind".
14.
הדפס את התוצאות. שים לב
במיוחד לפירוט תרגומי הרצף שבתחתית המסמך. במה הם נבדלים מהרצף של פאג' מס' 1? שים לב לאורך ורצף!
15.
פתח שוב את חלון השוואות הרצפים.
16.
העתק והדבק את רצף פאג'
מס' 12 לתוך תיבת הקלט הריקה. חזור על השאילתא כמקודם – כפתור
Align.
17.
בדוק את ההתאמה. האם זיהית את
המוטציה?
(רמז: שנה את בררן
View option
למצב
Mismatch-highlighting ולחץ שוב על
Align)
ציין בדו"ח את המיקום של המוטציה, ואת הבסיס שהשתנה. הדפס את
המסמך.
18.
הרץ שאילתא על הרצף החדש בעזרת
ORFinder. הדפס
את התוצאות.
א.
איך השפיעה המוטציה על תרגום הרצף לחלבון?
ב.
השווה לתרגום הרצף מפאג'
מס' 1. איזה קודון השתנה, ומה היה השינוי?
19.
סגור את החלונות.
20.
פתח שוב את חלון השוואות הרצפים.
21.
העתק והדבק את רצף פאג'
מס' 5 לתוך תיבת הקלט הריקה. חזור על השאילתא כמקודם – כפתור
Align.
22.
בדוק את ההתאמה. האם זיהית את
המוטציה?
(רמז:
שנה את הבררן כמו קודם:
View option
למצב
Mismatch-highlighting ולחץ שוב על
Align)
ציין בדו"ח את המיקום של המוטציה, ואת הבסיס שהשתנה. הדפס את
המסמך.
23.
הרץ שאילתא על הרצף החדש בעזרת
ORFinder. האם אתה מבחין
בהבדל לעומת זן הבר?
24.
בבררן עם מספר (100) שבראש העמוד, שנה את
המספר ל-50, ולחץ על
Redraw.
האם כעת רואים הבדל? הדפס את החלון.
א.
איך השפיעה המוטציה על תרגום הרצף לחלבון?
ב.
השווה לתרגום הרצף מפאג'
מס' 1. איזה קודון השתנה, ומה היה השינוי?
25.
סגור את החלונות.
26.
חזור על שלבים 20-25 עבור פאג' מספר 9.
27.
שים לב למיקום המוטציות השונות יחסית
לאחרות ויחסית לגבול בין הציסטרונים.
בדו"ח
המעבדה:
א) כלול
את כל התדפיסים שיצרת במהלך התרגיל. זכור את מספר המשימה
בגשתך לקחת את התדפיסים!
ב)
ענה על כל השאלות שנשאלת בשלבים שונים
בתרגיל.
ג)
שרטט את המפה הגנטית שהרכבת במהלך המעבדה
הקודמת, כולל מיקום מוטציות פסק, חסרים, והגבול בין שני הציסטרונים.
מתחת למפה, שרטט מפה חדשה בהסתמך על הנתונים שראית עכשיו. האם המפות דומות? אם לא,
ציין את ההבדלים.