גנטיקה כללית
72-155
מעבדת ביואינפורמטיקה
תרגיל היכרות
את התרגיל הזה נעשה יחד עם
המדריכים בתחילת המעבדה, כדי להכיר ולהתרגל לכלים ולשיטות בהם נשתמש במטלת המעבדה.
הרצפים לקוחים מגן ההמוגלובין-בטה (hemoglobin – beta)
של האדם. המוטציות השונות מעורבות בהופעות שונות של מחלת ה-Thalassemia,
מחלה של חוסר אספקת חמצן בגוף.
עקבו אחר ההוראות הממוספרות
שלב אחר שלב. כל הקישורים יפתחו חלונות חדשים על מסך המחשב לצורך העבודה. השאירו
את החלון הזה פתוח כדי להמשיך לקרוא את ההוראות במהלך התרגיל!
כל הכלים המקוונים שנשתמש
בהם היום נמצאים באתר ה-NCBI.
כל ההוראות בתרגיל
מיועדות לנשים וגברים כאחד!
קודם כל, נראה איך רצף
דנ"א נשמר כקובץ טקסט.
1. פתח חלון גישה לרצפים. הטבלה
שבראש הדף מכילה הפניות לרצפים השונים.
2. עבור
לרצף של הגן הנורמלי. שים לב לרצף הבסיסים.
3. סמן
בעכבר את כל רצף הדנ"א של המקטע שבקובץ, והעתק אותו (בתפריט
"עריכה").
בשלב הבא, ננצל את כלי ה-
ORFinder כדי להציג את כל מסגרות התרגום האפשריות ברצף.
4. פתח
חלון לתוכנת ORFinder. העתק והדבק את הרצף לתוך תיבת הקלט, ולחץ
על כפתור "OrfFind" .
5. התוצאות
יופיעו עם ייצוג גרפי של שש מסגרות הקריאה (שלוש לכל כיוון!) עם תרגומים אפשריים
(התיבות הכחולות). ליד הייצוג הגרפי תהיה רשימה של
מקטעי התרגום לפי מסגרת קריאה ומיקום.
6. ע"י
לחיצה על התיבה הכחולה של מסגרת תרגום מסויימת, יופיע
בתחתית העמוד רצף הדנ"א של אותה המסגרת והתרגום שלה לחלבון.
7. ע"י
לחיצה על כפתור "Sixframes" , הייצוג הגרפי ישתנה להראות את כל קודוני ההתחלה (בכחול) והסיום (בורוד) שבכל מסגרות הקריאה.
8. על
מנת למצוא מי
ממסגרת הקריאה מייצגת את הגן, בחר המסגרת הקריאה הנראית לך המתאימה ביותר, כאשר
מסגרת הקריאה מוארת בוורוד לחץ על כפתור "Blast". בחלון החדש שנפתח לחץ על כפתור ""view
report והמתן לתוצאות. באיזו מסגרת קריאה נמצא
הגן שלנו?
כעת נבחן מוטציית חסר בגן
שלנו. נשווה אותה לגן הנורמלי, ונבחן את ההבדלים
בתרגום.
9. בתפריט הרצפים, עבור לרצף של מוטנט
החסר.
10. פתח חלון לתוכנת
Blast2n להשוואת רצפים.
11. העתק והדבק את הרצף הנורמלי
לתיבת הקלט הראשונה (העליונה), ואת הרצף של המוטנט לתיבה השנייה.
12. הרץ את ההשוואה ע"י לחיצה על כפתור "Blast".
13. לפניך יופיע ייצוג גרפי של הקטעים
המתאימים בשני הרצפים(Dot Matrix View). מתחתיו יהיו
הרצפים התואמים.
14. בדוק את מסגרות הקריאה של המוטנט בעזרת ORFinder: הדבק את הרצף בתיבת הקלט, ובצע שאילתא
כבסעיף 4 (לחץ על OrfFind). איך השפיעה המוטציה על התרגום?
ועכשיו נבחן מספר מוטציות
נקודתיות.
15. בחלון השוואות הרצפים,
העתק והדבק את הרצף הנורמלי לתיבת הקלט הראשונה, ואת
מוטציית הסלף לתוך תיבת הקלט הריקה.
16. הרץ את השאילתא בעזרת כפתור "Blast".
האם הבחנת במוטציות?
כדי לראות אותן בבירור, כנס בדף התוצאות ל"Formatting Options" ושנה את הגדרת Alignment View ל- Pairwize with dots for identities ולחץ על כפתור ה- "Reformat".
17. העתק את רצף מוטציית הסלף לתוך ORF Finder .
השווה את התוצאה לזאת של הרצף הנורמלי. האם השתנו קודונים בעקבות המוטציות? אם השינוי אינו ברור, שנה את הבררן עם המספר 100שבראש העמוד ל-50, ולחץ על Redraw. האם כעת רואים הבדל? איך השפיעה המוטציה על תרגום הרצף לחלבון?
18. פתח חלון חדש להשוואות הרצפים.
19. מתוך תפריט הרצפים, העתק את רצף הפסק לתוך
התיבה השנייה (הנורמלי בתיבה הראשונה, כמובן!). חזור על
שלבים 15-17. האם אפשר לראות איך התרגום השתנה, באורך וברצף?
כעת אתה מוכן לעבור למטלה. בהצלחה!